É possível alterar um motivo de isenção?

Sim. Quando estiver a preencher a fatura a emitir de um artigo isento clique no total da fatura.
Será aberta uma janela pop-up onde poderá selecionar a linha relativa ao artigo, clicar no menu da coluna Motivo, selecionar a opção Lista e um outro motivo de isenção.